Al seleccionar una membrana de transferencia, el tipo de membrana y el tamaño de los poros se deben determinar en función del peso molecular, la hidrofobicidad y otras características de la proteína objetivo, así como los requisitos de las aplicaciones posteriores. La mayoría de las proteínas pueden utilizar membranas con un tamaño de poro de 0,45 µm, mientras que para proteínas o péptidos de bajo peso molecular (kDa), se recomiendan membranas con un tamaño de poro de 0,1 o 0,2 µm. Las membranas de PVDF son una opción preferida para las proteínas hidrofóbicas (como las proteínas de membrana).
Diferentes membranas requieren diferentes pasos de pretratamiento. Las membranas de PVDF son altamente hidrófobas y deben activarse humedeciéndolas con metanol o etanol antes de sumergirlas en el tampón de transferencia. Las membranas de nitrocelulosa y nailon normalmente se pueden equilibrar directamente en el tampón de transferencia.
Los principales métodos de electrotransferencia incluyen la electrotransferencia húmeda, la electrotransferencia semi{0}}seca y la electrotransferencia seca. La electrotransferencia húmeda es adecuada para una gama más amplia de pesos moleculares de proteínas, mientras que la electrotransferencia semiseca es más rápida pero más adecuada para moléculas pequeñas.
La concentración de metanol en el tampón de transferencia afecta la unión de proteínas y la contracción del gel. Es necesario optimizar la corriente, el voltaje y el tiempo para evitar la penetración de proteínas a través de la membrana. Para evitar que la membrana se seque en los pasos posteriores, las membranas de PVDF no utilizadas deben sellarse y almacenarse en un lugar fresco y seco.