Los tres tipos más comunes de membranas de transferencia utilizadas para la detección de transferencia de proteínas y ácidos nucleicos son las membranas de nitrocelulosa, las membranas de fluoruro de polivinilideno (PVDF) y las membranas de nailon. Las membranas de nitrocelulosa son una matriz comúnmente utilizada en la transferencia de proteínas debido a su alta afinidad de unión a proteínas y su compatibilidad con varios métodos de detección. La capacidad de unión a proteínas de las membranas de nitrocelulosa es de 80 a 100 µg/cm² y la inmovilización de proteínas se produce principalmente mediante interacciones hidrófobas. Las membranas de nitrocelulosa son quebradizas y frágiles, lo que limita su uso para desetiquetar y reetiquetar.
Las membranas de fluoruro de polivinilideno (PVDF) tienen una alta afinidad de unión tanto por proteínas como por ácidos nucleicos. Las membranas de PVDF son altamente hidrófobas y deben humedecerse previamente-con metanol o etanol antes de sumergirlas en el tampón de transferencia. La capacidad de unión a proteínas de las membranas de PVDF es de 170-200 µg/cm². En comparación con la nitrocelulosa, las membranas de PVDF son menos quebradizas y frágiles, tienen mejor resistencia mecánica y estabilidad química y son adecuadas para experimentos de transferencia Western que requieren pasos de desetiquetado y reetiquetado. Debido a su hidrofobicidad, las membranas de PVDF son la opción preferida para las proteínas hidrofóbicas.
Las membranas de nailon unen proteínas y ácidos nucleicos mediante interacciones iónicas, electrostáticas e hidrofóbicas. La capacidad de unión a proteínas de las membranas de nailon puede alcanzar los 480 µg/cm². Las membranas de nailon exhiben una alta durabilidad, lo que ofrece ventajas en experimentos de transferencia Western que requieren procedimientos de desetiquetado y reetiquetado. Un inconveniente importante del uso de membranas de nailon para aplicaciones de transferencia es la posibilidad de que se produzca una unión no-específica con aniones.